1951年（昭和26年）5月

藤沢市役所内に教育研究主事室を設け、教育に関する調査研究を始める。

1954年（昭和29年）4月

藤沢市教育研究所となる。

1956年（昭和31年）9月

「地方教育行政の組織及び運営に関する法律」の施行により、藤沢市教育文化研究所として条例設置される。

藤沢公民館の一室にあった教育研究所（S33当時）

1963年（昭和38年）5月

教育文化研究所の仕事量増大に伴い、市立第一中学校の一部を借用して業務を開始する。

1966年（昭和41年）4月

神奈川県教育委員会より高座三浦地区理科教育中心校として市立長後中学校が指定をうける。（理科教育センター）

長後中学校の一角にあった理科教育センター研修室

1979年（昭和54年）4月

藤沢市新総合計画において教育研修センター（仮称）の構想が示される。

1981年（昭和56年）6月

教育研修センター（仮称）の工事着工する。

1982年（昭和57年）2月

藤沢市教育文化研究所条例の廃止及び藤沢市教育文化センター条例の設置が決まる。

1982年（昭和57年）4月

条例施行により教育文化研究所と理科教育センターが統合し、藤沢市教育文化センターとして発足する。

教育文化センター発足当時の外観（S.57当時）

1991年（平成3年）4月

組織改正により、教育文化センターが課として独立する。それに伴い所長の呼称がセンター長となる。

1992年（平成4年）3月

教育文化センター40周年記念誌を刊行する。

1999年（平成11年）11月

第46回神奈川県教育研究所連盟研究発表大会が、第一中学校で開催される。

2002年（平成14年）3月

教育文化センター50周年記念誌を刊行する。

2003年（平成15年）4月

組織改正により、教育文化センターが学校教育課に統合される。

2006年（平成18年）6月

研修用ビオトープ（池中心型）を完成する。

2008年（平成20年）1月

屋根の全面改修工事を行う。

2009年（平成21年）3月

本館1階の空調工事を行う。

2009年（平成21年）4月

組織改正に伴う名称変更により、学校教育課が教育指導課となる。

2009年（平成21年）9月

キュービクル改修工事を行う。

2011年（平成23年）3月

本館2階の空調工事を行う。

2013年（平成25年）4月

組織改正により、学校教育企画課の所管となる。

2017年（平成29年）4月

組織改正により、教育指導課の所管となる。

2018年（平成30年）1月

教育専門図書室を開室する。